Nas proteínas, o grupo carboxilo (C=O) alfa de um aminoácido une-se à amina (NH2) alfa de outro por uma ligação denominada peptídica ou amídica. A ligação peptídica une dois aminoácidos resultando na formação de um dipeptídeo com a perda de uma molécula de água. A cadeia polipeptídica possui um sentido orientado. Como os aminoácidos que constituem a cadeia possuem terminações diferentes, por convenção, a ponta amínica (grupo alfa-amina) é considerada como sendo o início de uma cadeia peptídica, e a ponta carboxílica (grupo alfa-carboxilo) o fim.

As proteínas são sintetizadas como uma sequência de aminoácidos unidos numa estrutura poliamídica linear (polipeptídeo), mas assumem uma configuração tridimensional complexa ao realizarem as suas funções. O conhecimento sobre a estrutura das proteínas deve-se, em grande parte, a Emil Fischer (1852-1919), que verificou que estas são formadas pela condensação de muitas moléculas de a-aminoácidos através das referidas ligações peptídicas.
A ligação entre duas moléculas de aminoácidos gera um dipeptídeo, da mesma forma que três moléculas de aminoácidos formam um tripeptídeo. Assim, é de esperar que as proteínas sejam polipetídeos que resultam da condensação de milhares de moléculas de aminoácidos.

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